Detective Conan y Kaito Kid

Luego del suceso con los hombres de negro y al ser forzado a beber una droga llamada APTX 4869 que iba a matarlo, según Gin, la píldora nunca había sido probado en humanos, y era indetectable en una autopsia. Sin embargo, en lugar de matarlo, un extraño suceso ocurre con Shinichi. Lenta y dolorosamente su cuerpo se achica revirtiendo su imagen a la de un niño de unos seis o siete años.

Desesperado y confundido, Shinichi regresa corriendo a su casa y acude rápidamente a su vecino y uno de los mejores amigos de la familia, el Dr. Hiroshi Agasa (en Latinoamérica Dr. Cardillo). El Dr. Agasa es un excéntrico científico y aunque se encuentra retirado de su profesión, le gusta seguir creando cosas extrañas. Shinichi intenta contarle al Dr. Agasa lo sucedido y eventualmente logra convencerlo de su historia. El científico, le recomienda mantener en absoluto secreto su verdadera identidad porque en el caso de que se supiera que Shinichi Kudo estaba vivo, la Organización Negra volvería por él para matarlo, incluyendo la familia y sus amigos. Shinichi apoya fuertemente el plan del Dr. Agasa y le pide que nadie se entere que él está vivo hasta que pueda averiguar más acerca de esa Organización y la pócima.
Poco después, Ran va a la casa de Shinichi (donde el Dr. Agasa y Shinichi niño estaban) debido a que estaba preocupada por él; una vez allí Ran ve al niño. Ella lo ve como un niño adorable y le pregunta cual era su nombre. Shinichi rápidamente responde con un alias, Conan Edogawa valiéndose de Arthur Conan Doyle y de Edogawa Rampo. Luego de esto, "Conan" va a vivir a casa de Ran quien vive junto a su padre, Kogoro Mouri quien es un detective privado, por lo que "Conan" (Shinichi) tiene la esperanza de mantenerse al tanto y reunir pruebas acerca de la "Organización Negra". Desgraciadamente, el detective Mouri es absolutamente incompetente y casi siempre es "Conan" quien tiene que resolver los casos. Frecuentemente, "Conan" duerme a Kogoro con un reloj que dispara agujas tranquilizantes y utiliza su corbata de lazo (pajarita) que posee un convertidor de voz. Así fue como Kogoro adquirió fama por sus increíbles deducciones, aunque la verdad era que Shinichi escondido en Conan era quien resolvía los complicados casos. Cada vez tenían en sus manos diferentes casos que ayudaban a "Conan" a acercarse a la Organización Negra.
Como una medida para mantener en secreto la identidad de Shinichi, el Dr. Agasa lo enlista en la Teitan Elementary School, donde se hace amigo de tres compañeros; Ayumi Yoshida, Genta Kojima y Mitsuhiko Tsuburaya. Juntos, forman la Liga de Detectives Junior. Con ellos, "Conan" se da cuenta que pese a que son niños, son muy astutos y que lo ayudan de vez en cuando para resolver casos difíciles.
Mientras la serie avanza, Conan se hace amigo de una joven, Haibara Ai, su verdadero nombre es Shiho Miyano y es muy talentosa en la bioquímica además de haber creado la famosa píldora APTX 4869. El Dr. Agasa la lleva a vivir a su casa. Ella demuestra ser una aliada inseparable de Conan y con sus cualidades de investigadora se empeña incansablemente en buscar un antídoto a la droga y tratar de encontrar información sobre la Organización Negra para poder atraparlos.